International Journals

(SCI) Joong Chae Na, Hyunjoon Kim, Seunghwan Min, Heejin Park, Thierry Lecroq, Martine Leonard, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, FM-index of Alignment with Gaps, Theoretical Computer Science, 2017

(SCI) Youngho Kim, Joong Chae Na, Heejin Park, Jeong Seop Sim, A space-efficient alphabet-independent Four-Russians’ lookup table and a multithreaded Four-Russians’ edit distance algorithm, Theoretical Computer Science, 656, 173-179, Dec., 2016

(SCIE) DongKyue Kim, Piljoo Choi, Mun-Kyu Lee, and Heejin Park*, Design and Analysis of Efficient Parallel Hardware Prime Generators, Journal of Semiconductor Technology and Science, 16(5), 564-581, Oct., 2016

(SCI) Joong Chae Na, Hyunjoon Kim, Heejin Park, Thierry Lecroq, Martine Leonard, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, FM-index of alignment: A compressed index for similar strings, Theoretical Computer Science, 638, 159-170, Jul., 2016

(SCI) Hyunwoo Kim, Hosung Jo, Heejin Park* and Eunok Paek, HiXCorr: a portable high-speed XCorr engine for high-resolution tandem mass spectrometry, Bioinformatics, 31(24), 4026-4028, Dec., 2015.

(SCI) Hyunwoo Kim, Heejin Park* and Eunok Paek, NextSearch: A Search Engine for Mass Spectrometry Data against a Compact Nucleotide Exon Graph, Journal of Proteome Research, 14(7), 2784-2791, May, 2015.

(SCIE) Hosung Jo and Heejin Park*, Probabilistic Analysis on JPV Algorithm and Improving It using GCD Function, Applied Mathematics & Information Sciences, 9(2L), 535-542, Apr., 2015.

(SCI) Heejin Park, Junwoo Bae, Hyunwoo Kim, Sangok Kim, Hokeun Kim, Dong-Gi Mun, Yoonsung Joh, Wonyeop Lee, Sehyun Chae, Sanghyuk Lee, Hark Kyun Kim, Daehee Hwang, Sang-Won Lee and Eunok Paek, Compact variant-rich customized sequence database and a fast and sensitive database, PROTEOMICS, 14(23-24), 2742-2749, Dec., 2014.

(SCI) Taehyung Lee, Joong Chae Na, Heejin Park, Kunsoo Park, Jeong Seop Sim, Finding Consensus and Optimal Alignment of Circular Strings, Theoretical Computer Science, 468, 92-101, Jan., 2013.

(SCI) Jin Wook Kim, Sunho Lee, Kunsoo Park, Seungjin Na, Eunok Paek, Hyung Seo Park, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Jaeho Jeong, and Hwa-Young Kim, Monoisotopic Mass Determination Algorithm for Selenocysteine-containing Polypeptides from Mass Spectrometric Data based on Theoretical Modeling of Isotopic Peak Intensity Ratios, Journal of Proteome Research, 11(9), 4488-4498, Sep., 2012.

(SCI) Amihood Amir, Gad M. Landau, Joong Chae Na, Heejin Park*, Kunsoo Park, Jeong Seop Sim, Efficient Algorithms for Consensus String Problems Minimizing Both Distance Sum and Radius, Theoretical Computer Science, 412(39), 5239-5246, Sep., 2011.

(SCIE) Heejin Park, Dong Kyue Kim, Probabilistic Analysis on the Optimal Combination of Trial Division and Probabilistic Primality Tests for Safe Prime Generation, IEICE transactions on Information, E94-D(6), June, 2011.

Kunsoo Park, Heejin Park, Woo-Chul Jeun, Soonhoi Ha, Boolean Circuit Programming: A New Paradigm to Design Parallel Algorithms, Journal of Discrete Algorithms, 7(2), 267-277, June, 2009.

(SCI) Seungjin Na, Jaeho Jeong, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Eunok Paek, Unrestrictive Identification of Multiple Post-translational Modifications from Tandem Mass Spectrometry Using an Error-tolerant Algorithm Based on an Extended Sequence Tag Approach, Molecular & Cellular Proteomics 7(12), 2452-2463, Dec., 2008.

(SCI) Dong Kyue Kim, Min whan Kim, Heejin Park*, Linearized Suffix Tree: An Efficient Index Data Structure with the Capabilities of Suffix Trees and Suffix Arrays, Algorithmica, 52(3), 350-377, Nov., 2008.

(SCI) Kunsoo Park, Joo Yoon, Sunho Lee, Eunok Paek, Heejin Park, Hee-Jung Jung, Sang-Won Lee, Isotopic Peak Intensity Ratio Based Algorithm for Determination of Isotopic Clusters and Monoisotopic Masses of Polypeptides from High Resolution Mass Spectrometric Data, Analytical Chemistry, 80(19), 7294-7303, Oct. 1, 2008.

Phillip G. Bradford, Sunju Park, Michael H. Rothkopf, Heejin Park, Protocol Completion Incentive Problems in Distributed Cryptographic Vickery Auctions, Electronic Commerce Research, 8, 57-77, June, 2008.

(SCI) Seung-Hwan Lim, Heejin Park, Sang-Wook Kim, Using Multiple Indexes for Efficient Subsequence Matching in Time-Series Databases, Information Sciences, 177, 5691-5706, Dec., 2007.

(SCI) Sangtae Kim, Seungjin Na, Ji Woong Sim, Heejin Park, Jaeho Jeong, Hokeun Kim, Younghwan Seo, Jawon Seo, Kong-Joo Lee, Eunok Paek, Modi, A Powerful and Convenient Web Server for Identifying Multiple Post-translational Peptide Modifications from Tandem Mass Spectra, Nucleic Acids Research, 34, W258-W263, July, 2006.

Dong Kyue Kim, Jeong Seop Sim, Heejin Park, Kunsoo Park, Constructing Suffix Arrays in Linear Time, Journal of Discrete Algorithms, 3, 126-142, June, 2005.

(SCI) Heejin Park, Kunsoo Park, Yookun Cho, Deleting Keys of B-trees in Parallel, Journal of Parallel and Distributed Computing, 64(9), 1041-1050, Sep., 2004.

Sangtae Kim, Jeong Seop Sim, Heejin Park, Kunsoo Park, Hyunseok Park, Jeong-sun Seo, A Heuristic Algorithm to Find All Normalized Local Alignments above a Threshold, Genomics and Informatics, 1(1), 26-32, Sep., 2003.

(SCI) Heejin Park, Kunsoo Park, Parallel Algorithms for Red-black trees, Theoretical Computer Science, 262, 415-435, July, 2001.

(SCI) Heejin Park, Kunsoo Park, Yookun Cho, Analysis of the Variable Length Nonzero Window Method for Exponentiation, Computers & Mathematics with Applications, 37(7), 21-29, Apr., 1999.

Domestic Journals

조호성, 오성일, 이인복, 박희진, 나중채, Snort 기반 탐지 규칙의 유사성 분석 프로그램 개발 및 활용, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제 11권 제 1호, 32-43, 2015년 2월.

이선호, 김진욱, 박근수, 백은옥, 박희진, Selenocysteine을 포함한 폴리펩티드의 단동위질량을 결정하는 알고리즘의 실험적 분석, 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터, 제19권 제5호, 235-241, 2013년 5월.

이상철, 이순행, 박희진, 김상욱, 효과적인 중복 포스트 검출 기법, 한국정보과학회논문지: 컴퓨팅의 실제 및 레터 제 17권 제2호, 83-88, 2011년 2월.

조호성, 박희진, JPV 소수 생성 알고리즘의 확률적 분석 및 성능 개선, 한국정보과학회논문지, 제 35권 제1·2호, 75-83, 2008년 2월.

임승환, 김상욱, 박희진, 시계열 서브시퀀스 매칭을 위한 최적의 다중 인덱스 구성 방안, 한국정보과학회논문지, 제 33권 제2호, 201-213, 2006년 4월.

김도한, 박희진, 백은옥, 와일드카드 문자를 포함하는 스트링 데이터 사이의 포함관계 확인을 위한 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제9.10호, 475-482, 2005년 10월.

전정은, 박희진, 김동규, 써픽스 배열 합병을 이용한 일반화된 써픽스 배열의 효율적인 구축 알고리즘, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제 5.6호, 268-278, 2005년 6월.

심정섭, 김동규, 박희진, 박근수, 접미사 배열을 이용한 선형시간 탐색, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제5.6호, 255-259, 2005년 6월.

박희진, 접미사 배열 생성 과정에서 구간 최소값 위치를 상수 시간에 찾기 위한 효율적인 자료구조, 한국정보과학회논문지, 제 31권 제3.4호, 145-151, 2004년 4월.

박희진, 박근수, 조유근, 윈도우 방법과 인수 방법을 혼합한 빠른 멱승 알고리즘, 한국통신정보보호학회논문지, 제10권 제4호, 73-79, 2000년 12월.

International Conferences

2015

Hyunwoo Kim, Heejin Park and Eunok Paek, NextSearch: A search engine for mass spectrometry data against a compact nucleotide exon graph, ISMB/ECCB2015, July, 2015.

2014

Hyunwoo Kim, Heejin Park and Eunok Paek, NEXTSearch: Discovery of novel transcripts using nucleotide-based splice graphs, Human Proteome Organization (HUPO), Oct. 5-8, 2014.

Hyunwoo Kim, Heejin Park, Eunok Paek, ExonGraph: Discovery of novel transcripts using nucleotide-based splice graphs, 4th Asia Pacific Protein Assocation (APPA 2014), May 17-20, 2014.

Hosung Jo and Heejin Park, Performance Analysis and Improvement of JPV Primality test for Smart IC Cards, International Conference on Big Data and Smart Computing, Jan. 15-17, 2014.

2013

Joong Chae Na, Heejin Park, Sunho Lee, Minsung Hong, Thierry Lecroq, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, Suffix Array of Alignment: A Practical Index for Similar Data, 20th String Processing and Information Retrieval Symposium (SPIRE 2013), Oct. 7-9, 2013.

Junwoo Bae, Soohan Ahn, Daehee Hwang, Sanghyuk Lee, Sangwon Lee, Heejin Park, Eunok Paek, Shotgun Proteomics Data Analysis Using Personalized Protein Sequence Database Built from RNA-Seq Results from the Same Sample, Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO 2013), Sep. 14-18, 2013.

Joong Chae Na, Heejin Park, Maxime Crochemore, Jan Holub, Costas S. Iliopoulos, Laurent Mouchard, and Kunsoo Park, Suffix Tree of Alignment: An Efficient Index for Similar Data, International Workshop On Combinatorial Algorithms (IWOCA 2013), July 10-12, 2013.

2012

Jin Wook Kim, Sunho Lee, Kunsoo Park, Seungjin Na, Eunok Paek, Hyung Seo Park, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Jaeho Jeong and Hwa-Young Kim, Monoisotopic Mass Determination Algorithm for Selenocysteine-containing Polypeptides from Mass Spectrometric Data based on Theoretical Modeling of Isotopic Peak Intensity Ratios, The 15th Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation(WAAC), July 10 – 11, 2012.

Hosung Jo and Heejin Park, Analyzing and Optimizing the Combined Primality test with GCD Operation on Smart Mobile Devices, The 1st International Conference on Software Technology, May 29-31, 2012.

2010

H. Park, S. Lee, S. Lee, and S. Kim, CentralMatch: A Fast and Accurate Method to Identify Blog-Duplicates, The 2010 IEEE/WIC/ACM International Conference on Web Intelligence (WI-10), Aug 31 – Sep 3, 2010.

T. Lee, J. Na, H. Park, K. Park and J. Sim, Finding Optimal Alignment and Consensus of Circular strings, Combinatorial Pattern Matching, LNCS 6129:310-322, June 21-23, 2010.

A. Amir, G. Landau, J. Na, H. Park, K. Park and J. Sim, Finding Optimal Consensus Problems over Hamming Distance Sum and Radius, The 3rd Annual Meeting of Asian Association for Algorithms and Computation, Apr. 17-19, 2010.

H. Jo, T. Lee, H. Park and E. Paek, Computing Cross-Correlation of SEQUEST in Linear Time, RECOMB Satellite Conference on Computational Proteomics, Mar. 26-28, 2010.

2009

A. Amir, G. Landau, J. Na, H. Park, K. Park and J. Sim. Consensus Optimizing Both Distance Sum and Radius, String Processing and Information Retrieval, LNCS 5721:234-242, Aug. 25-27, 2009.

H. Jo, T. Lee, H. Park, E. Peak, Linear Time Computation of Cross-Correlation in SEQUEST, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 30-35, Jul. 4-5, 2009.

K. Park, J. Yoon, S. Lee, E. Paek, H. Park, S. Lee, and H. Jung, RAPID: Fast and Accurate Determination of Monoisotopic Masses of Polypeptides, The 2nd Annual Meeting of Asian Association for Algorithms and Computation, April. 2009.

H. Jo, H. Lee, K. Chun and H. Park, Interoperability and Anonymity for ID Management Systems, International Conference On Advanced Communication Technology, 1257-1260, Feb. 15-18, 2009.

2008

H. Jo and H. Park, Analysis and Optimization of Primality test Combining GCD Operation and Miller-Rabin test, Korea-Israel Joint Workshop on Pattern Matching and Stringology, Aug. 13-14, 2008.

I. Choi and H. Park, Improving Decon2ls Peak Picking, Korea-Israel Joint Workshop on Pattern Matching and Stringology, Aug. 13-14, 2008.

K. Park, J. Y. Yoon, S. Lee, E. Paek, H. Park, H. Jung and S. Lee, Fast and Accurate Determination of Isotopic Clusters and Monoisotopic Masses of Polypeptides, Korea-Israel Joint Workshop on Pattern Matching and Stringology, Aug. 13-14, 2008.

T. Lee and H. Park, Linear Time Computation of Cross-correlation in SEQUEST, Korea-Israel Joint Workshop on Pattern Matching and Stringology, Aug. 13-14, 2008.

H. Jo and H. Park Analysis and Optimization of Primality test Combining GCD Operation and Miller-Rabin test, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 21-27, July 19-20, 2008.

2007

O. Kwon, S. Na, H. Park, and E. Paek, MslViewer: Mass Calibration Visualize Viewer, HUPO 6th Annual World Congress, Oct. 6-10, 2007.

Y. Cheon, S. Na, H. Park, S. H. Kang, and E. Paek, Unidrawing2msl: Mass Error Analyzer, HUPO 6th Annual World Congress, Oct. 6-10, 2007.

K. Park, J.Y. Yoon, S. Lee, E. Paek, H. Park and S.W. Lee, Fast and Accurate Determination of Isotopic Clusters and Monoisotopic masses of Polypeptides from Fourier Transform Mass Spectra, 55th ASMS Conference on Mass Spectrometry, June 3-7, 2007.

2006

Chi Seong Park, Minhwan Kim, Heejin Park, Dong Kyue Kim, Comparisons of Practical Performance for Constructing Compressed Suffix Arrays, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, July 4-5, 2006.

Seung-Hwan Lim, Hee-jin Park, Sang-Wook Kim, Using Multiple Indexes for Efficient Subsequence Matching in Time-Series Databases, DASFAA, LNCS 3882:65-79, Apr, 2006.

2005

Sangtae Kim, SeungJin Na, Heejin Park, Eunok Paek, MassPective: A Graphical Tool to Validate Posttranslational Modification Identification from Tandem Mass Spectra , HUPO 4th Annual World Congress, Aug 28- Sep 1, 2005.

Heejin Park, Dong Kyue Kim, Probabilistic Analyses of Safe Prime Generation, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 135-141, Aug 12-13, 2005.

Dong Kyue Kim, Heejin Park, The Linearized Suffix Tree and its Succinct Representation, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 51-58, Aug 12-13, 2005.

Dong Kyue Kim, Heejin Park, A New Compressed Suffix Tree Supporting Fast Search and its Construction Algorithm Using Optimal Working Space, Combinatorial Pattern Matching, LNCS 3537:33-44, June, 2005.

SeungJin Na, Sangtae Kim, Heejin Park, Eunok Paek, MassPective: a graphical tool for peptide and post-translational modification identification from tandem mass spectra, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, June, 2005.

Heejin Park, Sang Kil Park, Ki-Ryong Kwon, Dong Kyue Kim, Probabilistic Analyses on Finding Optimal Combinations of Primality Tests in Real Applications, Information Security Practice and Experience Conference, LNCS 3439:74-84, April, 2005.

2004

Dong Kyue Kim, Jeong Eun Jeon, Heejin Park, An Efficient Index Data Structure with the Capabilities of Suffix Trees and Suffix Arrays for Alphabets of Non-Negligible Size, String Processing and Information Retrieval, LNCS 3246:138-149, Oct, 2004.

Sangtae Kim, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Eunok Paek, A Sequence Tag Approach to Identify Multiple Peptide Modifications from Tandem Mass Spectra, HUPO 3rd Annual World Congress, Oct 25-28, 2004.

Sangtae Kim, Heejin Park, Eunok Paek, An Effective Approach for the Interpretation of Tandem Mass Spectra to Identify Peptide Modifications, International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, July.31-August. 4, 2004.

Kunsoo Park, Heejin Park, Woo-Chul Jeun, Soonhoi Ha, Boolean Circuit Programming: A New Paradigm to Design Parallel Algorithms, 15th Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms, 28-39, July 6-9, 2004.

Dong Kyue Kim, Jeong Eun Jeon, Heejin Park, Merging Suffix Arrays in Linear Time for Integer Alphabets, 15th Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms, 129-140, July 6-9, 2004.

Dong Kyue Kim, Junha Jo, Heejin Park, A Fast Algorithm for Constructing Suffix Arrays for Fixed-Size Alphabets, Experimental and Efficient Algorithms, LNCS 3059:301-314, May, 2004.

2003

Heejin Park, An Efficient Implementation of Safe Prime Generation, International Conference on Ubiquitous Computing, 241-243, Oct 20-22, 2003.

Jeong Seop Sim, Dong-Kyue Kim, Heejin Park, Kunsoo Park Linear-time Search in Suffix Arrays, 14th Australasian Workshop on Combinatorial Algorithms, 139-146, July 13-16, 2003.

Dong Kyue Kim, Jeong Seop Sim, Heejin Park, Kunsoo Park, Linear-Time Construction of Suffix Arrays, Combinatorial Pattern Matching, LNCS 2676:186-199, June, 2003.

2002 and before

Sangtae Kim, Jeong Seop Sim, Heejin Park, Kunsoo Park, Hyunseok Park, Jeong-sun Seo, Finding All Normalized Local Alignments above a Threshold, ACM International Conference on Research in Computational Molecular Biology, ACM Press, 103-104, April 18-21, 2002.

Heejin Park, Kunsoo Park, Yookun Cho, Deleting Keys of B-trees in Parallel, IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium, IEEE Computer Society, CD-ROM, April 15-19, 2002.

Heejin Park, Kunsoo Park, Parallel Algorithms for Dictionary Operations on Red-black trees, Korea-Japan Joint Workshop on Algorithms and Computation, 184-197, July 19-20, 1999.

Domestic Conferences

김창기, 조호성, 박희진, 나눗셈 테이블을 이용한 소수 및 안전소수 생성법의 확률적 분석, 한국차세대컴퓨팅학회, 2016년 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제 12권 제 6호, 82-91, 2016년 12월

정현학, 배준우, 박희진, 누락된 데이터의 인코딩 판별 알고리즘 성능 분석, 한국정보과학회, 2016년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2016.6, 1703-1705

이경행, 김진의, 조호성, 박희진, 스마트 모바일 장치에서 m-bit GCD 소수생성 알고리즘의 성능 비교 및 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2016년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2016.6, 1700-1702

이강배, 조윤성, 박희진, 지속적인 데이터베이스 업데이트에 효율적인 탠덤 질량 스펙트럼 분석 알고리즘, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2016년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2016.6, 1706-1708

송종근, 조윤성, 조호성, 박희진, 소수와 안전소수 생성알고리즘에서 난수생성횟수의 정확도 분석 및 실험, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2015년 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2015.12, 1615-1617

홍도형, 배준우, 박희진, 악성코드 탐지규칙의 변형패턴 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2015년 동계학술발표회 논문집, 2015.12, 1653-1655

김동혁, 조호성, 박희진, K-medians 클러스터링과 Elbow method를 이용하여 정확도가 향상된 Snort rule classifier, 한국정보과학회, 2015년 동계학술발표회 논문집, 2015.12, 1400-1402

김현우, 박희진, 백은옥, NextSearch: 염기 엑손 그래프 기반 탠덤 질량 스펙트럼 탐색 엔진, KCC2015, 6권, 960-962, 6월 2015년

김혜미, 조호성, 박희진, Snort에서 편집거리를 이용하여 탐지규칙을 추가하고 분류하는 도구 개발, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 1228-1230, 12월 2014

김창기, 김대윤, 조호성, 박희진, 스마트 모바일 장치에서 나눗셈 테이블을 이용하는 안전소수 생성법의 확률적 분석, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 1308-1310, 12월 2014

최승혁, 이승현, 김현우, 박희진, 백은옥, 엑손 그래프에서 길이가 긴 펩티드를 검색하기 위한 효율적인 인덱싱, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 1519-1521, 12월 2014

김민서, 조호성, 박희진, Snort 탐지규칙 중복 최소화를 위한 탐지규칙의 분석 및 분류 모델 개발, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 1657-1659, 12월 2014

박희진, 김근태, 원동옥, 이성환, 스마트 TV 제어를 위한 거리 변화에 따른 안정 상태 시각 유발 전위 분석, 한국정보과학회, 2014한국정보과학회 제 41회 정기총회 및 동계학술발표회, 509-511, 12월 2014

배준우, 김현우, 이원엽, 백은옥, 박희진, 더 많은 변이 펩티드를 포함하고 공간 효율적인 개인화 단백질 데이터베이스 구축 알고리즘, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2014 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 1597-1599, 6월 2014

조윤성, 김현우, 황규백, 박희진, 백은옥, 공유 펩티드를 이용한 단백질 정량, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 208-210, 11월 2013

정진훤, 김현우, 박희진, 오현옥, 백은옥, 하둡을 이용한 MODa의 병렬화 및 최적화, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 655-657, 11월 2013

강진택, 김현우, 박희진, 백은옥, 단백질 DB에서 분할된 갭의 크기로 태그를 검색하는 동적 검색 알고리즘, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 732-734, 11월 2013

곽재호, 박종찬, 김현우, 박희진, 백은옥, 질량 스펙트럼에서 효율적인 Peak Picking을 위한 FWHM과 m/z의 상관관계와 특성에 관한 연구, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 735-737, 11월 2013

조호성, 박희진, 나눗셈 테이블을 이용하는 순차 난수 생성법의 확률적 분석, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1330-1332, 11월 2013

최상준, 김정진, 조호성, 박희진, GCD 함수를 이용하여 스마트 모바일 장치에 적합한 효율적인 소수 검사법의 비교 및 분석, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1336-1338, 11월 2013

강진택, 김현우, 박희진, 백은옥, 두 아미노산 사이에 갭을 포함하는 태그를 효율적으로 단백질 DB에서 검색하는 알고리즘, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1339-1341, 11월 2013

안수한, 김현우, 박희진, 백은옥, 탠덤 질량 스펙트럼에서 2-PTM 검색을 위한 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1342-1344, 11월 2013

홍민성, 이선호, 박근수, 나중채, 박희진, 유전체 데이터에 대한 배치 접미사 배열의 실험적 분석, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1348-1350, 11월 2013

정진훤, 김현우, 박희진, 오현옥, 백은옥, Target-decoy 검색 방법을 사용할 때 Threshold 값을 구하는 빠른 알고리즘, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1351-1353, 11월 2013

변민석, 차형찬, 조호성, 박희진, 빠른 동위원소 분포 계산을 위한 LL-알고리즘의 분석과 동위원소비를 고려하는 성능향상법, 한국정보과학회, 2013 한국정보과학회 제40회 정기총회 및 추계학술발표회, 1360-1362, 11월 2013

김웅휘, 권인하, 조호성, 박희진, Snort Rule Optimizer: 최장 공통부분 문자열 알고리즘을 이용하여 Snort 탐지규칙을 효율적으로 최적화하기 위한 도구 개발, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2013 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 756-758, 6월 2013

이선호, 김진욱, 박근수, 백은옥, 박희진, Selenocysteine을 포함한 polypeptides의 단동위질량을 결정하는 실험, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012한국컴퓨터종합학술대회 논문집 제39권 제1호(A), 397-399, 6월 2012

박윤곤, 조호성, 박희진, 네트워크 취약점 공격의 효율적인 탐지를 위한 Snort 규칙 분석과 개선, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012한국컴퓨터종합학술대회 논문집 제39권 제1호(C), 304-306, 6월 2012

황승하, 홍성모, 조호성, 박희진, LL-알고리즘을 이용한 빠른 동위원소 분포 계산, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(A), 254-256, 11월 2012

김재성, 안수한, 박희진, 효율적인 메모리 공간 사용과 구조적 정보에 기반한 표절 탐색 알고리즘 설계, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(B), 304-306, 11월 2012

김동욱, 조호성, 박형서, 박희진, 백은옥, 펩타이드 동정에서 효율적인 픽피킹을 위해 가중이동평균을 이용한 질량 스펙트럼 스무딩 연구, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(B), 301-303, 11월 2012

이명화, 조호성, 박형서, 박희진, 백은옥, 질량 스펙트럼에서 Peak picking의 정확도 향상을 위한 HY Smoothing 알고리즘, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(B), 239-240 , 11월 2012

강민서, 정승용, 김현우, 박희진, 네트워크 침입 탐지 시스템을 위한 멀티쓰레딩 Aho-Corasick 패턴 매칭 알고리즘 비교, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(C), 163-165, 11월 2012

정승용, 강민서, 김현우, 박희진,모바일 환경에서 네트워크 침입 탐지 시스템을 위한 저 메모리 Aho-Corasick 패턴 매칭 알고리즘 성능 개선, 한국정보과학회 2012 가을 학술발표논문집 제39권 제2호(C), 11월, 2012

박고은, 송가현, 박희진, 다중 패턴 매칭을 위한 변형된 wu-mander 알고리즘의 병렬화 및 성능분석, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(A) 38권 2호,320-321, 11월, 2011

안수한, 채용석, 박희진, 웹 검색 엔진을 위한 중복문서 검색 알고리즘 분석 및 비교, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(A) 38권 2호,341-344, 11월, 2011

조종길, 박희진, 네트워크 침입 탐지 시스템을 위한 Aho-Crasick 패턴 매칭 알고리즘 분석 및 멀티쓰레딩을 활용한 성능 향상, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(A) 38권 2호,345-348, 11월, 2011

김현우, 박희진, 백은옥, 탠덤 질량 분석 스펙트럼에서 추출된 갭을 포함하는 태그를 단백질 DB에서 검색하는 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(A) 38권 2호,349-350, 11월, 2011

박형서, 박희진, 백은옥, Q-TOF 탠덤 질량 스펙트럼을 위한 효율적인 Peak Picking 알고리즘, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(B) 38권 2호,335-336, 11월, 2011

이은수, 박희진, 백은옥, Human Genome에서 MS/MS spectrum 동정을 위한 효율적인 Exon Graph 구축, 한국정보과학회 가을 학술발표논문집(B) 38권 2호,438-439, 11월, 2011

신성호, 박희진, 백은옥, MODf: 대규모 단백질 DB에서 효과적이고 빠르게 PTM을 동정하는 알고리즘, 한국정보처리학회 추계학술대회, 11월, 2010

이재준, 박희진, 백은옥, 대규모 단백질 서열 데이터베이스를 대상으로 하는 효과적인 후보 단백질 선정 알고리즘, 한국정보과학회 추계학술대회, 36권 2(B)호, 479-484, 11월, 2009

최인실, 조호성, 박희진, Decon2ls Peak Picking 알고리즘 성능 개선, 한국정보과학회추계학술대회, 35권 2(B)호, 501-505, 10월, 2008

이태규, 조호성, 박희진, SEQUEST Cross-Correlation의 선형시간 계산, 한국정보과학회추계학술대회, 35권 2(B)호, 496-500, 10월, 2008

서동우, 조호성, 박희진, gcd 연산을 이용한 조합 소수 검사 알고리즘의 분석 및 최적화, 한국컴퓨터종합학술대회 (KCC) 2007 34권 1(B)호, 476-481, 6월 2007.

강석훈, 박희진, 김동규, 소수 생성기의 효율적인 구현을 위한 HW/SW 통합설계, 한국멀티미디어학회 추계학술발표대회논문집, 8권 2호, 287-291, 2005

임승환, 김상욱, 박희진, 시계열 서브시퀀스 매칭을 위한 최적의 다중 인덱스 구성 방안, 한국컴퓨터종합학술대회(KCC) 2005, 193-195, 7월, 2005.

강석훈, 박상길, 박희진, 김동규, 소수 생성기의 효율적인 하드웨어 모듈 설계, 한국멀티미디어학회 춘계학술발표대회논문집, 8권 1호, 507-511, 2005

박상길, 박희진, 김동규, 소수 생성의 효율성을 분석하는 모델 설계, 한국멀티미디어학회 추계학술발표대회논문집, 7권 2호, 781-784, 2004

김도한, 박희진, 백은옥, Wildcard character를 포함하는 String Data 사이의 Subsumption 관계 확인을 위한 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회추계학술대회, 712-714, 10월, 2004

조준하, 박희진, 김동규, 써픽스 배열을 구축하는 빠른 알고리즘,
한국정보과학회추계학술대회, 736-738, 10월, 2004

전정은, 박희진, 김동규, 써픽스 배열을 이용한 최장 공통 부분 스트링 계산,
한국정보과학회추계학술대회, 739-741, 10월, 2004

조준하, 박희진, 김동규, DNA 스트링에 효율적인 써픽스 배열 구축 알고리즘,
한국정보과학회춘계학술대회, 973-975, 4월, 2004

전정은, 박희진, 김동규, 효율적인 써픽스 배열 합병 알고리즘과 응용,
한국정보과학회춘계학술대회, 4월, 2004

김상태, 심정섭, 박희진, 박근수, 박현석, 서정선, Banded Smith-Waterman 알고리즘을 이용하여 정규화된 부분배치를 찾는 새로운 알고리즘, 592-594,
한국정보과학회추계학술대회, 10월, 2001

박희진, 박근수, 조유근, 윈도우 방법과 인수분해 방법을 혼합한 빠른 멱승 알고리즘,
한국정보과학회추계학술대회, 539-541, 10월, 2000.

박희진, 박근수, CREW PRAM에서 Red-black Tree 병렬알고리즘,
한국정보과학회추계학술대회, 1509-1512, 1995.