Publications
International Journals
(SCIE) Yoonsung Joh, Kangbae Lee, Hyunwoo Kim, Heejin Park*, Progressive search in tandem mass spectrometry, BMC Bioinformatics, 24(1), 1-16, Mar., 2023
(SCIE) Sangjeong Lee, Heejin Park, Hyunwoo Kim, False discovery rate estimation using candidate peptides for each spectrum, BMC Bioinformatics, 23(1), 454, Nov., 2022
(SCIE) Yushim Kim, Kangbae Lee, Seong Soo Oh, Heejin Park, Effectiveness of Emergent Ad Hoc Coordination Groups in Public Health Emergencies, Risk Analysis, 42(1), 5-20, Jan., 2022
(SCIE) Sangjeong Lee, Heejin Park*, Hyunwoo Kim, Comparison of false-discovery rates of various decoy databases, Proteome Science, 19(1), 1-7, Sep., 2021
(SCIE) Hyunwoo Kim, Sangjeong Lee, Heejin Park*, Target-small decoy search strategy for false discovery rate estimation, BMC Bioinformatics, 20(1), 1-6, Aug., 2019
(SCI) Dong-Gi Mun, Jinhyuk Bhin, Sangok Kim, Hyunwoo Kim, Jae Hun Jung, Yeonjoo Jung, Ye Eun Jang, Jong Moon Park, Hokeun Kim, Yeonhwa Jung, Hangyeore Lee, Jingi Bae, Seunghoon Back, Su-Jin Kim, Jieun Kim, Heejin Park, Honglan Li, Kyu-Baek Hwang, Young Soo Park, Jeong Hwan Yook, Byung Sik Kim, Sun Young Kwon, Seung Wan Ryu, Do Youn Park, Tae Yong Jeon, Dae Hwan Kim, Jae-Hyuck Lee, Sang-Uk Han, Kyu Sang Song, Dongmin Park, Jun Won Park, Henry Rodriguez, Jaesang Kim, Hookeun Lee, Kwang Pyo Kim, Eun Gyeong Yang, Hark Kyun Kim, Eunok Paek, Sanghyuk Lee, Sang-Won Lee and Daehee Hwang, Proteogenomic Characterization of Human Early-Onset Gastric Cancer, Cancer Cell, 35(1), 111-124, Jan., 2019
(SCI) Junwoo Bae, Kyeong Won Lee, Mohammad Nazrul Islam, Hyung-Soon Yim, Heejin Park* and Mina Rho, iMGEins: detecting novel mobile genetic elements inserted in individual genomes, BMC genomics, 19(1), 944, Dec., 2018
(SCI) Joong Chae Na, Hyunjoon Kim, Seunghwan Min, Heejin Park, Thierry Lecroq, Martine Leonard, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, FM-index of Alignment with Gaps, Theoretical Computer Science, 710, 148-157, Feb., 2018
(SCIE) Hosung Jo and Heejin Park*, Fast prime number generation algorithms on smart mobile devices, Cluster Computing, 20(3), 2167-2175, Sep., 2017
(SCI) Youngho Kim, Joong Chae Na, Heejin Park, Jeong Seop Sim, A space-efficient alphabet-independent Four-Russians’ lookup table and a multithreaded Four-Russians’ edit distance algorithm, Theoretical Computer Science, 656, 173-179, Dec., 2016
(SCIE) DongKyue Kim, Piljoo Choi, Mun-Kyu Lee, and Heejin Park*, Design and Analysis of Efficient Parallel Hardware Prime Generators, Journal of Semiconductor Technology and Science, 16(5), 564-581, Oct., 2016
(SCI) Joong Chae Na, Hyunjoon Kim, Heejin Park, Thierry Lecroq, Martine Leonard, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, FM-index of alignment: A compressed index for similar strings, Theoretical Computer Science, 638, 159-170, Jul., 2016
(SCI) Hyunwoo Kim, Hosung Jo, Heejin Park* and Eunok Paek, HiXCorr: a portable high-speed XCorr engine for high-resolution tandem mass spectrometry, Bioinformatics, 31(24), 4026-4028, Dec., 2015.
(SCI) Hyunwoo Kim, Heejin Park* and Eunok Paek, NextSearch: A Search Engine for Mass Spectrometry Data against a Compact Nucleotide Exon Graph, Journal of Proteome Research, 14(7), 2784-2791, May, 2015.
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(SCI) Heejin Park, Junwoo Bae, Hyunwoo Kim, Sangok Kim, Hokeun Kim, Dong-Gi Mun, Yoonsung Joh, Wonyeop Lee, Sehyun Chae, Sanghyuk Lee, Hark Kyun Kim, Daehee Hwang, Sang-Won Lee and Eunok Paek, Compact variant-rich customized sequence database and a fast and sensitive database, PROTEOMICS, 14(23-24), 2742-2749, Dec., 2014.
(SCI) Taehyung Lee, Joong Chae Na, Heejin Park, Kunsoo Park, Jeong Seop Sim, Finding Consensus and Optimal Alignment of Circular Strings, Theoretical Computer Science, 468, 92-101, Jan., 2013.
(SCI) Jin Wook Kim, Sunho Lee, Kunsoo Park, Seungjin Na, Eunok Paek, Hyung Seo Park, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Jaeho Jeong, and Hwa-Young Kim, Monoisotopic Mass Determination Algorithm for Selenocysteine-containing Polypeptides from Mass Spectrometric Data based on Theoretical Modeling of Isotopic Peak Intensity Ratios, Journal of Proteome Research, 11(9), 4488-4498, Sep., 2012.
(SCI) Amihood Amir, Gad M. Landau, Joong Chae Na, Heejin Park*, Kunsoo Park, Jeong Seop Sim, Efficient Algorithms for Consensus String Problems Minimizing Both Distance Sum and Radius, Theoretical Computer Science, 412(39), 5239-5246, Sep., 2011.
(SCIE) Heejin Park, Dong Kyue Kim, Probabilistic Analysis on the Optimal Combination of Trial Division and Probabilistic Primality Tests for Safe Prime Generation, IEICE transactions on Information, E94-D(6), June, 2011.
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Domestic Journals
조윤성, 박희진, 확률 모델을 이용한 탠덤 질량 스펙트럼 FDR 기법, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제19권 제5호, 77-87, 2023년 10월.
배준우, 노미나, 박희진, Transformer 모델을 이용한 NGS 빅 데이터의 SNP/Indel 탐색, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 재19권 제4호, 29-35, 2023년 8월.
한소은, 강윤석, 고윤용, 안지원, 김유심, 오성수, 박희진, 김상욱, CoAID+: 소셜 컨텍스트 기반 가짜뉴스 탐지를 위한COVID-19 뉴스 파급 데이터, 정보처리학회논문지 소프트웨어 및 데이터 공학, 제 11권 제4호, 149-156, 2022년 4월
조호성, 이지호, 박희진, 오일러체를 적용한 소수와 안전소수의 생성법 제안과 분석, 전기전자학회논문지, 제23권 제2호, 438-447, 2019년 6월.
김선범, 배준우, 박희진, 딥러닝 알고리즘을 이용한 문서의 인코딩 및 언어 판별, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제13권 제5호, 124-130, 2017년 10월.
배준우, 김선범, 박희진, 오류가 발생한 멀티바이트 인코딩 데이터의 인코딩 기법 판별 알고리즘 개선, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제13권 제2호, 18-25, 2017년 4월.
김창기, 조호성, 박희진, 나눗셈 테이블을 이용한 소수 및 안전소수 생성법의 확률적 분석, 한국차세대컴퓨팅회 논문지, 제 12권 제6호, 82-91, 2016년 12월.
김현우, 박희진, 탠덤 질량 스펙트럼에서 추출된 갭 태그를 단백질 데이터베이스에서 검색하는 효율적인 알고리즘, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제 12권 제3호, 95-104, 2016년 6월.
조호성, 오성일, 이인복, 박희진, 나중채, Snort 기반 탐지 규칙의 유사성 분석 프로그램 개발 및 활용, 한국차세대컴퓨팅학회 논문지, 제 11권 제 1호, 32-43, 2015년 2월.
이선호, 김진욱, 박근수, 백은옥, 박희진, Selenocysteine을 포함한 폴리펩티드의 단동위질량을 결정하는 알고리즘의 실험적 분석, 정보과학회논문지 : 컴퓨팅의 실제 및 레터, 제19권 제5호, 235-241, 2013년 5월.
이상철, 이순행, 박희진, 김상욱, 효과적인 중복 포스트 검출 기법, 한국정보과학회논문지: 컴퓨팅의 실제 및 레터 제 17권 제2호, 83-88, 2011년 2월.
조호성, 박희진, JPV 소수 생성 알고리즘의 확률적 분석 및 성능 개선, 한국정보과학회논문지, 제 35권 제1·2호, 75-83, 2008년 2월.
임승환, 김상욱, 박희진, 시계열 서브시퀀스 매칭을 위한 최적의 다중 인덱스 구성 방안, 한국정보과학회논문지, 제 33권 제2호, 201-213, 2006년 4월.
김도한, 박희진, 백은옥, 와일드카드 문자를 포함하는 스트링 데이터 사이의 포함관계 확인을 위한 효율적인 알고리즘, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제9.10호, 475-482, 2005년 10월.
전정은, 박희진, 김동규, 써픽스 배열 합병을 이용한 일반화된 써픽스 배열의 효율적인 구축 알고리즘, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제 5.6호, 268-278, 2005년 6월.
심정섭, 김동규, 박희진, 박근수, 접미사 배열을 이용한 선형시간 탐색, 한국정보과학회논문지, 제 32권 제5.6호, 255-259, 2005년 6월.
박희진, 접미사 배열 생성 과정에서 구간 최소값 위치를 상수 시간에 찾기 위한 효율적인 자료구조, 한국정보과학회논문지, 제 31권 제3.4호, 145-151, 2004년 4월.
박희진, 박근수, 조유근, 윈도우 방법과 인수 방법을 혼합한 빠른 멱승 알고리즘, 한국통신정보보호학회논문지, 제10권 제4호, 73-79, 2000년 12월.
International Conferences
Soeun Han, Yunyong Ko, Yushim Kim, Seong Soo Oh, Heejin Park, Sang-Wook Kim, D-FEND: a diffusion-based fake news detection framework for news articles related to COVID-19, Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing, April 25-29, 2022.
Yushim Kim, Kangbae Lee, Seong Soo Oh, Heejin Park, Effect of an Emergent Group on Network Efficiency in a Public Health Emergency Response: Case of 2015 MERS-CoV in Korea, The Society for Risk Analysis – European Conference 2021 (SRA-E 2021), June 14-16, 2021.
Hyungjun Oh, Bongki Cho, Changdae Kim, Heejin Park, Jiwon Seo, AniFilter: parallel and failure-atomic cuckoo filter for non-volatile memories, EuroSys '20: Proceedings of the Fifteenth European Conference on Computer Systems, April 27-30, 2020.
Hyunwoo Kim, Heejin Park and Eunok Paek, NextSearch: A search engine for mass spectrometry data against a compact nucleotide exon graph, ISMB/ECCB2015, July, 2015.
Hyunwoo Kim, Heejin Park and Eunok Paek, NEXTSearch: Discovery of novel transcripts using nucleotide-based splice graphs, Human Proteome Organization (HUPO), Oct. 5-8, 2014.
Hyunwoo Kim, Heejin Park, Eunok Paek, ExonGraph: Discovery of novel transcripts using nucleotide-based splice graphs, 4th Asia Pacific Protein Assocation (APPA 2014), May 17-20, 2014.
Hosung Jo and Heejin Park, Performance Analysis and Improvement of JPV Primality test for Smart IC Cards, International Conference on Big Data and Smart Computing, Jan. 15-17, 2014.
Joong Chae Na, Heejin Park, Sunho Lee, Minsung Hong, Thierry Lecroq, Laurent Mouchard, Kunsoo Park, Suffix Array of Alignment: A Practical Index for Similar Data, 20th String Processing and Information Retrieval Symposium (SPIRE 2013), Oct. 7-9, 2013.
Junwoo Bae, Soohan Ahn, Daehee Hwang, Sanghyuk Lee, Sangwon Lee, Heejin Park, Eunok Paek, Shotgun Proteomics Data Analysis Using Personalized Protein Sequence Database Built from RNA-Seq Results from the Same Sample, Human Proteome Organization 12th Annual World Congress (HUPO 2013), Sep. 14-18, 2013.
Joong Chae Na, Heejin Park, Maxime Crochemore, Jan Holub, Costas S. Iliopoulos, Laurent Mouchard, and Kunsoo Park, Suffix Tree of Alignment: An Efficient Index for Similar Data, International Workshop On Combinatorial Algorithms (IWOCA 2013), July 10-12, 2013.
Jin Wook Kim, Sunho Lee, Kunsoo Park, Seungjin Na, Eunok Paek, Hyung Seo Park, Heejin Park, Kong-Joo Lee, Jaeho Jeong and Hwa-Young Kim, Monoisotopic Mass Determination Algorithm for Selenocysteine-containing Polypeptides from Mass Spectrometric Data based on Theoretical Modeling of Isotopic Peak Intensity Ratios, The 15th Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation(WAAC), July 10 ? 11, 2012.
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Domestic Conferences
오해미, 박희진, 딥러닝을 이용한 자연어 처리 기반 작성자 판별 방법, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2022 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2022.06, 681-683
장희주, 이강배, 박희진, k개의 대체 경로를 고려한 소셜 네트워크 구조 분석 척도 개선, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2022 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2022.06, 1616-1618
한소은, 강윤석, 고윤용, 안지원, 김유심, 오성수, 박희진, 김상욱, COVID-19 가짜뉴스 탐지를 위한 전파 데이터셋, 한국정보처리학회, 한국정보처리학회 학술대회논문집 28권1호, 2021.05, 312-313
이재경, 배준우, 박희진, 돌연변이 탐지를 위한 트랜스포머 모델과 RNN 모델의 성능비교, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2021 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2021.12, 563-565
정경건, 배준우, 박희진, NGS 시퀀싱 데이터의 quality control을 위한 딥러닝 모델 개발, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2021 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2021.12, 578-580
김태훈, 서성빈, 이경준, 이상정, 김현우, 박희진, 전이학습을 이용한 딥러닝 기반의 드노보 펩타이드 서열 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2021 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2021.12, 1345-1347
황득연, 한승도, 이상정, 김현우, 박희진, 트랜스포머 모델을 활용한 드노보 펩타이드 서열 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2021 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2021.12, 1351-1353
유혜인, 김태훈, 이강배, 박희진, 소셜 네트워크 구조 분석을 위한 거리 기반 견고성 척도 개선, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2020 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2020.12, 1608-1610
최홍규, 김형준, 이강배, 박희진, 네트워크 견고성 분석을 위한 스펙트럼 척도 구현 및 적용, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2020 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2020.12, 1605-1607
민승환, 김현준, 나중채, 박희진, 박근수, 범유전체 인덱스에 대한 최근 연구 실험 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2019 한국컴퓨터종합학술대회 논문집, 2019.6, 1542-1544
이원창, 우효경, 조호성, 박희진, 오일러체를 적용한 안전소수 검사의 분석, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2130-2132
한예린, 박윤지, 배준우, 김선범, 박희진, 딥러닝 알고리즘을 이용한 유전체 변이 인델(InDels) 발견, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2124-2126
이기준, 이한빛, 배준우, 김선범, 박희진, RNN을 이용한 DNA 조각 조립 순서 판별, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2121-2123
김승환, 정민영, 조호성, 박희진, 동적 계획법을 이용한 안전 소수의 효율적 생성 연구, 한국정보과학회, 한국정보과학회 2018 한국소프트웨어종합학술대회 논문집, 2018.12, 2115-2117
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